Carbohydrate-protein complexes: Determination of the orientation and binding epitope of ligands in complex with human blood group glycosyltransferase B by NMR

Im Rahmen eines Forschungsfreisemesters sollen neue NMR-Verfahren zur Bestimmung des Bindungsepitops und der Orientierung von Kohlenhydratliganden in der Bindungstasche von Rezeptorproteinen etabliert werden. Als biologisch relevantes Beispiel dient hier die humane Blutgruppenglycosyltransferase B (GTB). Zunächst sollen qualitative Analysen von Bindungsepitopen mit Hilfe von Sättigungstransfer-Differenz-(STD)-NMR Experimenten durchgeführt werden. Die Studie soll darauf aufbauend die Möglichkeiten des quantitativen Epitop-Mappings mit NMR erweitern und gleichzeitig eine Analyse der Orientierung des Liganden in der Bindungstasche ermöglichen. Mit Hilfe von Computersimulationen soll auf der Basis experimenteller STD-NMR-Daten ein Docking der Liganden an die GTB durchgeführt werden. Die so erhaltenen Modelle sollen mit den Ergebnissen anderer NMR-Bindungsstudien etwa auf der Basis von sogenannten TROSY-Experimenten verglichen werden. Die Arbeiten zielen generell auf die Erweiterung des Spektrums von NMR-Experimenten zur Analyse von Ligandenbindung an Rezeptorproteine.