MBECS: Microbiome Batch Effects Correction Suite

Michael Olbrich; Axel Künstner; Hauke Busch

doi:10.1186/s12859-023-05252-w

MBECS: Microbiome Batch Effects Correction Suite

Michael Olbrich^*, Axel Künstner, Hauke Busch^*

^*Korrespondierende/r Autor/-in für diese Arbeit

Institut für Experimentelle Dermatologie

7 Zitate (Scopus)

Abstract

Despite the availability of batch effect correcting algorithms (BECA), no comprehensive tool that combines batch correction and evaluation of the results exists for microbiome datasets. This work outlines the Microbiome Batch Effects Correction Suite development that integrates several BECAs and evaluation metrics into a software package for the statistical computation framework R.

Originalsprache	Englisch
Aufsatznummer	1
Zeitschrift	BMC Bioinformatics
Jahrgang	24
Ausgabenummer	1
Seiten (von - bis)	182
Seitenumfang	1
ISSN	1367-4803
DOIs	https://doi.org/10.1186/s12859-023-05252-w
Publikationsstatus	Veröffentlicht - 03.05.2023

Fördermittel

Open Access funding enabled and organized by Projekt DEAL. Hauke Busch acknowledges funding by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) under Germany`s Excellence Strategy (EXC 2167-390884018).

UN SDGs

Dieser Output leistet einen Beitrag zu folgendem(n) Ziel(en) für nachhaltige Entwicklung

SDG 3 – Gesundheit und Wohlergehen

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Forschungsschwerpunkt: Infektion und Entzündung - Zentrum für Infektions- und Entzündungsforschung Lübeck (ZIEL)

DFG-Fachsystematik

2.21-05 Immunologie
2.22-19 Dermatologie

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10.1186/s12859-023-05252-w

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Schreiber, S. (Sprecher*in), Baines, J. F. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Bosch, T. C. G. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Buyx, A. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Erdmann, J. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Franke, A. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Huber, R. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Klein, C. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Köhl, J. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), König, I. R. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Lange, C. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Laudes, M. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Lieb, W. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Ludwig, R. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Nebel, A. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Niemann, S. (Sprecher*in), Rabe, K. F. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Riemekasten, G. (Sprecher*in), Rose-John, S. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Rosenstiel, P. C. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Schulenburg, H. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Schwarz, K. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Traulsen, A. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in), Weidinger, S. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in) & Zillikens, D. (Beteiligte*r Wissenschaftler*in)
01.01.19 → 31.12.32
Projekt: DFG Verbundprojekte › Exzellenzcluster

Zitieren

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TY - JOUR

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PY - 2023/5/3

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