A method to detect nonproline cis peptide bonds in proteins

Manfred S. Weiss, Rolf Hilgenfeld

13 Zitate (Scopus)

Abstract

Based on the geometrical parameters around seventeen incorrectly assigned trans conformations of peptide bonds in protein structures and their correct cis counterparts, we have devised an algorithm that is capable of detecting these sites. The algorithm was optimized to reliably find all of the seventeen test cases. It can be used to quickly scan an atomic coordinate file or the complete Brookhaven Protein Data Base for more likely candidates for non-Pro cis peptide bonds. Also, it can be of help to guide the crystallographer in intermediate stages of structure determination towards suspect areas.

OriginalspracheEnglisch
ZeitschriftBiopolymers
Jahrgang50
Ausgabenummer5
Seiten (von - bis)536-544
Seitenumfang9
ISSN0006-3525
DOIs
PublikationsstatusVeröffentlicht - 1999

Strategische Forschungsbereiche und Zentren

  • Forschungsschwerpunkt: Infektion und Entzündung - Zentrum für Infektions- und Entzündungsforschung Lübeck (ZIEL)

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